IMDEA Nanociencia es una Fundación sin ánimo de lucro creada el 23 de noviembre de 2006 por iniciativa del Gobierno Regional de la Comunidad de Madrid.
Su objetivo es tender un puente entre la investigación y la sociedad en la región de Madrid y proporcionar nuevas capacidades de investigación, desarrollo tecnológico e innovación en el campo de la Nanociencia, la Nanotecnología y el Diseño Molecular.
La Fundación gestiona a su vez el Instituto IMDEA Nanociencia, un nuevo centro de investigación interdisciplinar creado en 2007 por el antiguo Ministerio de Educación y Ciencia del Gobierno de España y dedicado a la exploración de la nanociencia y el desarrollo de aplicaciones nanotecnológicas en conexión con industrias innovadoras.
El Instituto IMDEA Nanociencia también forma parte de una de las líneas estratégicas del Campus de Excelencia Internacional (CEI) UAM+CSIC.